Het bestuur van SOPOW bestuurt op hoofdlijnen, volgens het model John Carver. Zij stelt zich tot doel namens haar achterban er op toe te zien dat doelen worden bereikt en het onaanvaardbare wordt vermeden. In het door haar vastgestelde Bestuurlijk Beleidskader staan de visie, de doelen, de beperkingen, de aansturing en het bestuursproces beschreven. 

Het bestuur instrueert via de algemeen directeur de organisatie als geheel over de te behalen doelen en over de beperkende voorwaarde. Het bestuur mandateert de algemeen directeur te handelen in overeenstemming met elke redelijke interpretatie van de gestelde voorwaarden. In het managementstatuut is, binnen de juridische kaders van de statuten van de stichting, vastgelegd hoe de bevoegdheden zijn verdeeld binnen het management zelf.

De algemeen directeur is, op directieniveau, integraal eindverantwoordelijk voor de gehele organisatie en geeft als zodanig leiding aan de direceuren op de scholen. Voor het bestuur is hij het aanspreekpunt op directieniveau. Samen met de schooldirecteuren vormt hij het directieberaad dat adviserend is ten aanzien van beleidsontwikkeling.